Facturation électronique : guide auto-entrepreneur & micro-entreprise

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Vous êtes auto-entrepreneur ou en micro-entreprise ? Bonne nouvelle : la réforme de la facture électronique s’applique à vous aussi, mais le dispositif a été pensé pour rester accessible aux plus petites structures. Voici tout ce qu’il faut savoir.

Un logiciel simple pour auto-entrepreneurs

Facturation conforme 2026, franchise de base gérée, e-reporting automatique. PA intégrée sans surcoût. À partir de quelques euros par mois.

Êtes-vous concerné par la réforme ?

Oui, vous êtes concerné, même en micro-entreprise. Dès lors que vous êtes immatriculé et que vous émettez des factures, la réforme vous impose :

  • De pouvoir recevoir des factures électroniques dès le 1er septembre 2026.
  • D’émettre vos factures au format électronique et de transmettre vos données de e-reporting à partir du 1er septembre 2027.

Il n’y a pas d’exemption pour la micro-entreprise, qu’elle soit en BIC, BNC ou BA.

Chez Kwixéo, on voit que… beaucoup d’auto-entrepreneurs pensent être exonérés parce qu’ils sont en franchise de base de TVA. C’est faux. La franchise concerne la TVA collectée, pas le format de la facture. Même un micro-entrepreneur qui facture 5 000 € par an est soumis à la réforme, sans aucun seuil de déclenchement.

Cas n°1 : vous ne facturez que des particuliers (B2C)

Si votre clientèle est composée uniquement de particuliers (coach sportif, esthéticienne, artisan à domicile…), vous n’émettrez aucune facture électronique via le circuit PA/PPF. En revanche, vous devrez faire du e-reporting : transmettre à l’administration fiscale le récapitulatif de vos ventes, à une fréquence bimestrielle (tous les 2 mois) pour les micro-entreprises en franchise de base.

Cas n°2 : vous facturez d’autres entreprises (B2B)

Si vous travaillez en B2B (graphiste freelance, consultant, développeur, prestataire de services aux entreprises…), vos factures devront obligatoirement transiter par une Plateforme Agréée à partir de septembre 2027. Vos clients pro les recevront via leur propre PA.

Cas n°3 : vous avez une activité mixte

C’est le cas de nombreux auto-entrepreneurs : mi-B2C, mi-B2B. Vous devrez gérer les deux dispositifs en parallèle : émission électronique pour le B2B, e-reporting pour le B2C.

La franchise de base en TVA : rien ne change

Si vous êtes en franchise de base de TVA (mention « TVA non applicable, art. 293 B du CGI »), ce régime n’est pas modifié par la réforme. Vous continuez à émettre des factures sans TVA, mais vous devez respecter :

  • Le nouveau format électronique structuré (Factur-X)
  • Les mentions obligatoires, y compris les nouvelles mentions 2026
  • La transmission via une PA pour le B2B
  • Le e-reporting pour le B2C

Quel outil pour un auto-entrepreneur ?

Trois options s’offrent à vous :

Option 1 : un logiciel de facturation intégré

C’est la solution la plus simple. Un logiciel adapté aux auto-entrepreneurs (comme Kwixéo) gère automatiquement :

  • La génération au format Factur-X avec toutes les mentions obligatoires
  • L’émission via une PA raccordée nativement
  • Le e-reporting automatique
  • Le suivi de la franchise de base

Budget : à partir de 10 €/mois, souvent gratuit pour les tous petits volumes.

Option 2 : le portail de votre PA en saisie manuelle

Moins pratique, mais envisageable si vous n’émettez que quelques factures par mois. Vous saisissez chaque facture directement dans l’interface de la PA.

Option 3 : confier à votre expert-comptable

Certains experts-comptables proposent un service « tout inclus » pour les micro-entrepreneurs, incluant la conformité à la réforme. À évaluer selon votre budget.

Les gestes à prévoir dès aujourd’hui

  1. Demandez systématiquement le SIREN de vos clients professionnels (nouvelle mention obligatoire).
  2. Préparez votre migration vers un logiciel de facturation si vous utilisez encore Word/Excel.
  3. Choisissez une PA ou un logiciel qui embarque une PA avant l’été 2026.
  4. Vérifiez vos modèles de facture : les 4 nouvelles mentions 2026 sont-elles présentes ?

Foire aux questions des auto-entrepreneurs

Puis-je continuer à envoyer mes factures par email ?

En B2B : non, à partir de septembre 2027. Tout doit passer par une PA. En B2C : oui, vous pouvez continuer à envoyer la facture par email ou papier à votre client, mais vous devez faire le e-reporting.

Dois-je payer pour être conforme ?

Oui, il y aura un coût (logiciel + PA). Mais les solutions démarrent à quelques euros par mois, et certains logiciels incluent la PA gratuitement.

Que se passe-t-il si je ne m’adapte pas ?

Vous vous exposez aux sanctions : 50 € par facture non conforme, 500 € par transmission de e-reporting manquante, avec un plafond de 15 000 €/an (montants relevés par la loi de finances 2026).

Je fais moins de 5 000 € de CA par an, suis-je vraiment concerné ?

Oui. Aucun seuil d’activité minimum n’est prévu. Dès lors que vous émettez des factures, la réforme s’applique.

Pour aller plus loin : consultez le guide complet 2026, le calendrier détaillé, ou notre page E-reporting.

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